当时福建巡抚游震得对于横屿倭寇力量的估计是很不足的。他认为横屿的倭贼只有八、九十人，无须兴动大军，即可将其全歼，实际上横屿的倭寇有一千多人，另外加上散处在宁德、福清境内各地的楼寇一万多人，彼此互为声援，力量并不小。戚继光采取了比较审慎的态度，他先了解了地形，分析了敌人的实力，然后激励士气，整顿队伍，订出周密的作战计划。他主张先攻横屿，横屿破后，乘胜趋救福清。为了攻占横屿，他决定采取“削枝弱干”的办法，先招降胁从，剪掉倭寇的羽翼，再直捣贼巢。

九月上旬，戚家军进兵张湾。张湾离宁德县城十里，是横屿倭寇在大陆上的一个重要据点。由于戚继光在进兵前，派人到张湾附近张贴了招抚的告示，所以大军一到，一千多胁从分子在强大压力之下，纷纷投诚。张湾抚定后，戚家军随即转旗东征，直攻横屿。戚继光对于夺取横屿，有着必胜的把握。他表示要在一天之内获致全捷。虽然当时有人对这点表示怀疑，但丝毫不能动摇他坚定的信心。

九月六日，戚家军凌晨就整队出发，乘退潮的时候过兰田渡。行五里至海岸，见岸边有歧路，戚继光留王如龙等领兵二支据守路口，以防敌人漏网。然后他把所有的军官召集拢来，对他们说：

“前面就是横屿。我们乘潮落时打过去，到了对岸，潮就要涨上来。所以必须把敌人全部消灭，在那里站住脚，等候潮退了后，我们才有归路多万一不能取胜，前途就不堪设想了。这需要有坚强的意志和胆力。大家自己酌量一下，看有没有足够的勇气，假若没有，就不必冒这个危险了。”

大家听了戚继光的话，都奋激地说:“我们不远千里而来，为了什么?我们能在敌人面前表示胆怯吗?”戚继光故意说:“有这种胆力，固然很好，就只怕大家心有余而力不足……”

大家一听，更加激动，都争先恐后地表示要用行动来证明自己的决心。戚继光看见士气如此高昂，不禁暗自欢喜，于是接着说:“好，既然大家有此决心，我们就准备进攻吧。我为你们擂鼓！”

于是，兵士们各人背一把草，摆成“鸳鸯阵”式，在咚咚的鼓声中前进。他们把草铺在烂泥上，用手足在草上爬着走。谁要是稍微不当心，就要陷进泥里去。每行一百步，鼓声暂息，让大家休息一下，等落后的人赶上后，鼓声又起，队伍又继续前进。

横屿的岸边终于到达了。倭寇早已沿山麓布成阵势，还有大批倭寇据守着作为集穴的木城，戒备严密。军士们奋勇冲向倭寇阵地，展开了肉搏战。吴惟忠率部攻打木城，陈子赛、童子明冲击侨寇南线阵脚，陈大成沿山麓登到山顶从背后包抄。明军人人奋战，倭寇也拚死抵杭，硝烟和尘土弥役了横屿的上空，喊杀声和战鼓声掩盖了大海的呼啸。

这时王如龙在对岸看见明军和倭寇相持不下，心里焦急，便指挥兵士，立即渡过海滩，投入战斗。明军声势大振，并力猛攻。倭寇阵势紊乱了。一会儿，岛上冲起一道浓烟，倭寇的巢穴猛烈地焚烧起来，这是吴淮忠建立的头功。各支部队见吴惟忠已经得手，便四面合围，全岛各个冲要地区，被戚家军迅速地控制住。倭寇见大势已去，到处逃窜。明军乘胜剿杀，歼敌三百四十余人，夺获器仗一百八十三件，生擒二十九人，残倭向海上逃命，被淹死的有六百多人。明军解救被掳男女八百多人。战斗从开始到结束，不过三个时辰，果如戚继光所言，一天之内，大获全胜。被倭寇侵占了三年之久的横屿，到这时宣告克复。