几年来，福建倭患的严重，并不减于浙江。一五五八年(嘉靖三十七年)夏，原来据守岑港的倭寇突围甫遁，侵入福建，攻破福清，知县叶宗文被俘，又攻惠安，知县林咸率兵击俊于鸭山，陷状战死，倭寇分犯同安、长乐、掉州、泉州各地。

第二年夏，新倭又大批涌到，先攻福宁(今霞浦县)、连江、罗源，流劫各乡，随后进攻福州，未得逞，转破福安，另外，骚扰广东的流楼则往来于诏安、漳浦之间。一五六0年(嘉靖三十九年)以后，倭寇由于在浙江受到沉重的打击，因此在福建的活动更加猖狂，北自福宁，南至漳、泉，沿海千里，几乎无地无楼船，无地无倭窟。这时，一支倭寇结巢于宁德城外海中的横屿，另一支倭寇结巢于福清的牛田，官军经年坐守，不敢进击，福建的形势，岌岌可危。福建巡抚游震得向明政府告急，请求派浙兵援助。明政府接受了这个请求。于是胡宗宪乃派戚继光领本部兵六千人及都司戴冲霄部一千六百人，于一五六二年(嘉靖四十一年)八月入闽剿倭。戚家军自温州出发，由海道抵平阳，再自平阳取早道入闽。一路上纪律严明，给了久受官军骚扰的福建人民以良好的印象。

横亘在戚家军进军道路上的第一个倭寇大巢穴就是横屿。横屿在宁德县城东北二十余里，是海中的一个小岛，离岸约十里，和大陆之间隔着浅滩。潮来时，一片汪洋，潮退后，尽是泥淖。倭寇在岛上结有大营，筑有坚固的防御工事，企图长期盘据，作为四出掳掠的基地。他们自恃地势险要，根本瞧不起明军。明军如用陆军涉水进攻，十分困难，用海船进攻，又有搁浅的危险，简直拿他们毫无办法。