发酵这一化学现象被人类发现并利用，最早可以上溯到公元前六千年。古代巴比伦人掌握酿造啤酒的方法。就是那个时候。

我国在殷商时期，即公元十一至十六世纪时，就有酿酒的记载。商代甲骨文中，就有“酒”的象形字。而制酱是秦朝以前的事，制醋则始于周朝。不过这都是属于自然发酵，当时人们并不清楚发酵的原因，全凭经验。

三百年前，荷兰的列文虎克首次用自制显微镜观察到了微生物。直到十九世纪中叶，法国的巴斯德才以实验证实酒精发酵乃是由酵母菌的作用引起的。他还查明菊萄酒腐败变酸，也是由于细菌作用的结果，并发明了葡萄酒低温杀菌法。这就是一直沿用至今的巴氏灭菌法。由于对微生物的纯粹分离培养获得成功，又设计了便于灭菌的密闭式发酵罐，使得酒精、丙酮、丁醇等发酵生产有了很大发展。这是以纯粹培养技术为特征的第一个时期。