第一次舰载巡航导弹虽然装在潜艇上，但是还不能从水中发射。潜艇发射导弹时，必须浮出水面，这就损害了潜艇隐蔽性的特长。此外，无线电指令制导系统易受电子对抗措施的干扰。导弹在数百米以上高度以1—2马赫速度飞行时，极易落入对方雷达和防空火力网中。于是，随着科学技术的发展，在本世纪70年代初，出现了第二代舰载巡航导弹。

第二代舰载巡航导弹的特点是:休积小，机动性好，命中率高，低空突破防御的能力强，能从水中发射等，因为这时科技发展提供了新的良好条件:推力大、耗油少、重鱼轻的超小型涡轮风扇发动机已可实际使用:微型电子计算机和微型处理机有了新发展，核弹头小型化、轻型化；末段制导技术渐趋成熟；等等。美国的“捕鲸叉”式导弹和“战斧”式导弹就属于第二代舰载巡航导弹，它们都可以从空中、水面和水下发射。